好氧菌通过自身的生命活动——氧化、还原、合成等过程，把一部分被吸收有机物氧化成简单的无机物，并释放出好氧菌生长、活动所需要的能量，而把另一部分有机物转化为生物体所必需的营养物质，组成新的细胞物质，于是好氧菌逐渐生长繁殖，产生更多的好氧菌。其它微生物摄取营养后，在它们体内也发生相同的生物化学反应。
通过好氧菌好氧处理，污水中一部分有机物被无机化，一部分有机物则被合成为微生物好氧菌的细胞物质。当污水水有机物较多时（超过微生物生活所需时），合成部分增大，微生物好氧菌总量增加较快；当污水中有机物不足时，一部分微生物就会因饥饿而死亡，它们的尸体将成为另一部分微生物好氧菌的“食料”,微生物的总量将减少。微生物好氧菌的细胞物质虽然也是有机物质，但微生物是以悬浮的状态存在于水中的，相对地说，个体比较大，也比较容易凝聚，可以同污水中的其它一些物质（包括一些被吸附的有机物和某些无机的氧化产物以及菌体的排泄物等）通过物理凝聚作用在沉淀池中一起沉淀下来。
